La risposta accettata era corretta all'epoca, ma sembrerebbe che le cose siano cambiate nel recente passato.
Il pacchetto AutoMapper.Extensions.Microsoft.DependencyInjection è stato aggiornato per consentire la chiamata a AddAutoMapper() più volte.
Vedere PR Utilizzare Microsoft.Extensions.Options per configurare AutoMapper per i dettagli. Dovrai aggiornare il pacchetto alla versione 8.0.0 o successiva per usarlo.
Dovresti attenerti al primo approccio, perché AddAutoMappper non fa nulla quando viene chiamato per la seconda, terza, ecc., quindi i profili e altri tipi correlati AM delle assemblee passate a queste chiamate non verranno registrati.
Lo si vede all'inizio dell'implementazione del metodo privato che viene chiamato da tutti i AddAutoMapper pubblici sovraccarichi:
seguito dal codice di registrazione vero e proprio, che alla fine registra IMapper .
Al momento c'è un problema aperto Consenti l'uso di Options Pattern per configurare AutoMapper #132 con esattamente le stesse tue preoccupazioni.