Recibo mucho esta pregunta. Me resulta difícil responder en profundidad porque estas dos tecnologías son muy parecidas. La respuesta básica suele ser "Mvc se usa para crear sitios web y la API web se usa para crear API web" ".
También podría decir que "MVC está destinado a generar HTML donde Web API está destinado a generar datos sin procesar". Puede ser fácil mezclarlos porque tienen muchas similitudes. Tanto mvc como la API web consisten en Controladores , Acciones , Filtros , Rutas y puede servir todo tipo de datos.
Los proyectos MVC vienen con css y javascript. Por supuesto, puede usar MVC sin esto, pero le da una idea de cuál es el propósito. Los proyectos de API web no incluyen esto de forma predeterminada. No tienen ningún uso, ya que están destinados a generar datos sin procesar (JSON/XML).
También es posible hacer que la API web genere html y MVC para generar datos, pero requerirá algo de trabajo y código adicionales. He visto muchos puntos finales de mvc que devuelven JSON.
Dado que la API web de MVC 6 y MVC están unificados en uno.
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