Necesitas crear un CMakeLists.txt para que CLion sea feliz. Es suficiente declarar todos los archivos fuente, no es necesario que convierta sus scons (o cualquier otro sistema de compilación) a cmake.
Ni siquiera tiene que escribir CMakeLists.txt a mano, puede pedirle a CLion que lo haga:
File | New CMake Project from Sources...(desde CLion 2019.2)File | Import project ... |(Clion antiguo)
y luego apunte al directorio que contiene su proyecto.
Ahora edite el CMakeLists.txt generado y agregue un comando cmake para decirle a CLion dónde encontrar los incluidos (en realidad, para decirle al compilador, y CLion reutilizará esa información).
Dado que sus archivos de origen usan la inclusión como #include "my_includes/my_own.hpp" , necesita decirle a cmake el directorio base que contiene el directorio my_includes :
include_directories(.)
Donde el punto significa el mismo directorio que el que contiene el CMakeLists.txt .
Probé con un proyecto que reproduce su diseño y desde my_src.cpp Puedo navegar a my_own.hpp .
Luego, para construir, todavía tienes que usar scons en una consola. También es posible agregar un comando cmake, add_custom_target() eso llamará a sus scons (o su marca, o lo que sea), para que también pueda navegar desde CLion a los errores de compilación.