Lo que está viendo es que Visual Studio intenta iniciar su proceso de host de servicio por sí solo fuera del tiempo de ejecución de Service Fabric. Normalmente, cuando ejecuta un servicio a través de Visual Studio, implementa el proyecto de la aplicación, que pasa por el proceso de registro y creación de instancias de sus servicios en su clúster local de Service Fabric.
Por este motivo, la instrumentación actualmente no funciona de manera inmediata con los proyectos de Service Fabric. Estamos buscando maneras de hacer esto posible en el futuro.
Todavía puede hacer perfiles de muestreo, lo que le permite adjuntar el generador de perfiles a un EXE en ejecución. En ese caso, primero implementaría su aplicación normalmente y luego adjuntaría el generador de perfiles a sus EXEs de servicio.